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 WaveFunction Spartan   - 分子计算建模软件
WaveFunction Spartan是一个通用建模工具,利用现代计算方法,为研究者提供定量数据在分子结构、能源、反应活性、选择性和广泛的分子特性。 与一个单一的GUI(图形用户接口)/计算引擎Spartan为用户提供了一个分子造型工具,既是全面的和用户友好。 与无与伦比的可视化和广泛的良好的文档记录计算方法在一个用户友好的软件工具,Spartan无处不在为化学家提供的全部功能分子造型。
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分子计算建模软件 WaveFunction Spartan 10 v1.1.0
分子建模和可视化
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Spartan的结合一套强大的分子建模和计算工具在一个图形用户界面。 这个单一的、集成的、易于使用的GUI可以轻松构建/导入和增强分子和系统,运行分子力学和量子化学计算,分析结果与Spartan的图形,属性对话框、集成电子表格、数据和谱图,和文本输出。
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表面可视化
分子表面可以计算出从一个广泛的在建立量子化学方法。 这提供了基本联系重要化学可见——结构、稳定性、反应活性和选择性,和能源。 Spartan有能力来计算表面性质不同的分子。 这可以帮助计算分子平衡和过渡态的几何以及热力学和动力学信息作为遵循从表面上的解释。
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ChemDraw集成
Spartan可以使用ChemDraw作为一个2 d分子模型生成器来生成初始模型在Spartan。 Spartan的先进的可视化和计算特性集可以进一步发展这些模型使用量子化学前沿技术。 Spartan的整合与CambridgeSoft Chemdraw。
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数据库访问
Spartan包括访问数量的高度有用的分子建模和结构数据库,包括:Spartan的分子数据库,Spartan的反应数据库,剑桥结构数据库(许可证分开),NIST的红外光谱和核磁共振实验数据库,科隆大学核磁共振数据库和蛋白质数据银行(通过网络)。
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Spartan的数据库
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PDB(蛋白质数据银行)数据库
Spartan提供了一个链接到PDB(蛋白质数据银行)。 用户可以检索(基于PDB ID)条目从RCSB PDB(只要你的计算机有当前网络连接)。 蛋白质数据银行包括超过30000 x射线晶体和NMR结构的蛋白质和核酸。
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Spartan的分子数据库(SMD)
Spartan的分子数据库(SMD)的计算结构和性质:
精确和子结构搜索超过140000个分子
名称、配方、重量和异构体搜索
包括超过40000红外光谱、核磁共振光谱和超过20000 2000紫外/ vis光谱
拥有超过1200核苷酸分子的蛋白质/从PDB(蛋白质数据银行)
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Spartan的反应数据库
SpartanSpartan的反应提供了数据库,它有一个底座搜索超过1500有机和有机金属反应和分子细节过渡状态和红外光谱。 也为提供了初始结构过渡态几何计算的猜想。
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直观的控制快速分子造型:
有机食品: 访问一个建设者为常见的有机片段(例如 "sp3 carbon")、官能团和环,易于施工的有机分子。
无机: 扩展了建筑在整个周期表。 包括团体、戒指和一个图书馆常见的配体。
肽: 访问一个建设者与氨基酸的多肽建设作为螺旋线,表或在用户定义的构象。
核苷酸: 访问一个建设者的核苷酸碱基的施工单或双股DNA或RNA为a或B螺旋线或在用户定义的构象。
取代基: 一个新的生成器生成组代替分子。
2 d建筑: 新的无缝访问二维建筑通过ChemDraw(必须授权CambridgeSoft分开)。
自定义: 访问一个包括(和可定制的)图书馆的附加功能组、戒指和配体。
剪贴板: 访问任何分子或分子片段之前已被建造。
导入:Spartan,SYBYLMOLandMOL2,PDB,MacroModel,smiles,XYZ,SDF,TGF,SKC,CIF,andCDX文件.
导出:Spartan,SYBYLMOLandMOL2,PDB,MacroModel,smiles,andXYZmolecule文件,graphicsasJPG,PNG,andBMP文件,animations作为AVI文件.
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量子化学
利用现代计算方法可以计算出许多分子性质Spartan。 Spartan的哲学是集中和突出建立“标准”的列表计算方法和这些方法的严格文档性能与实验数据。
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计算概述
这个Spartan全计算列表提供了一个有用的总结许多计算方法和推荐,Spartan了。在Spartan的这些方法很容易选择和应用。
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半经验分子轨道
半经验模型是最简单的量子化学方案,有助于平衡和过渡态结构的计算。 量子化学,特别是,已经被证明是一个可靠的工具,用于几何计算过渡金属无机和有机金属化合物。
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哈特里福克
在计算物理、计算化学、哈特里福克(HF)方法是一种近似方法确定的基态WaveFunction和基态能量的量子多体系统。 哈特里福克方法的也叫,尤其是在旧文学,有条理的野外方法(现金流量表)。
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这个哈特里福克方法通常用于解决定态薛定谔方程为一个多电子原子或分子中所描述的一样出生奥本海默近似。 因为没有已知的解决方案对许多电子系统(水成的原子和双原子氢阳离子被显著的一个电子例外),问题是数值求解。 由于非线性引入的哈特里福克近似,方程解决使用非线性方法如迭代,衍生出的名称“首尾一致的野外方法”。 哈特里福克模型适用于预测结构、能源和房地产的计算,特别是对有机分子。
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密度泛函理论
密度泛函理论模型通常提供一个质量的结果与常规相关模型,例如MP2,但成本略比哈特里福克模型。 因此,他们特别有用的高质量结构、能源和房地产的计算,包括计算无机和有机金属化合物形成过渡金属。 局部密度模型和BP,BLYP,EDF1,EDF2,B3LYP模型支持在同样的基础上设置和pseudopotentials作为可供哈特里福克模型。
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Moller-Plesset
MP2也许是最简单的模型进行合理的考虑电子相关,一般提供准确的描述,构象和能量平衡结构的各种化学反应,包括反应化学键都折断了。 MP方法支持相同的基础集和pseudopotentials可供哈特里福克和密度泛函模型。 新在Spartan是国际扶轮MP2模型,提供几乎相同的结果,但显著的性能改进MP2:能量计算快一个数量级的和结构计算的一个因素3倍的速度比传统的MP2。 MP3和MP4模型可用于单点能量的计算只,是一个快速轨道的变体MP2本地化。 相同的基础集和pseudopotentials支持哈特里福克是可用的。
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激发态方法
计算激发态可能采用CIS,独联体(D)和TDDFT模型除了整个范围的密度函数模型。 相同的基础集和支持pseudopotentials基态的计算是可用的。
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先进的相关
许多高阶相关模型可用于能量计算只有。 这些包括孔,孔(T)、OD、OD(T),QCISD QCISD(T),QCCD,QCCD(T)模型,在同样的基础上设置和pseudopotentials可供哈特里福克,密度泛函和M?ller-Plesset计算。
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热化学配方
几个食谱获得高度精确的加热形成可用,包括新的T1配方,提供结果3焦每摩尔内的(也可用)G3(MP2)方法,但随着性能快几个数量级比G3(MP2)。 额外的食谱包括G2,G3。
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