首  页 关于博脉 软件产品 硬件设备 培训课程 主要客户 联系我们
博脉 -- 专业 务实 周到
 
  产品标志 Logo

  产品咨询 Enquiry
若您有任何产品的问题或需求,欢迎随时与我们联络。
我们将很乐意为您服务!
电邮:info@pomine.com
电话:(020) 2264 4217
传真:(020) 2264 4215

您还可以填写产品咨询表:


 CLC Genomics WorkBench   - 高通量测序仪数据分析软件
解决高通量测序海量数据的分析挑战
w__w__w__._p_o_m_i__ne.__c_o_m_
高通量测序仪的使用,使绝大多数研究者可以进行高通量测序。然而,数据的分析成为大多数研发部门的关键瓶颈。这反而严重降低了目前高通量设备的收益。
w_ww__.p_o_min_e._c_om
CLC Genomics WorkBench 解决了这一问题,使个人都能够快速的分析和显示新生代测序仪器产生的海量数据。友好而直观的界面使高通量分析不需像程序员那样编写命令行脚本。便于科学家直接寻找生物学结果。另外,CLC Genomics WorkBench 的通用性,使得其能与现有的序列分析工作流程实现完美的无缝对接,简化操作并最大化收益。

多技术—多平台
w_ww__._p_o_m_ine.c_o__m
CLC Genomics WorkBench 集合了对高通量测序数据的高性能处理加速拼装和大量的下游分析工具。
CLC Genomics WorkBench 是第一个综合的软件分析包,可分析和显示所有主流新一代测序仪产生的数据,如 SOLID 、454 以及 Illumina 和Ion Torrent 的数据。CLC Bio 发展过程中一直秉承与仪器厂商的合作。
如CLC bio的其他分析平台,CLC Genomics WorkBench可在Mac OS X,Windows 和Linux 平台运行。您可以自行选择软件运行的操作系统。

基因组学
w_ww__.p_o_mine__._co_m__
Sanger 、454 、Illumina Genome Analyzer 和SOLiD 测序数据的mapping 任何范围基因的从头组装(仅仅局限于可用的RAM)
Color-space 数据定位
先进的视像化、转动性、变焦性的工具
采用先进的质量过滤进行SNP 检测
支持使用DNA条形码的多样本分析
ww_w__._po_m_i_ne__.com
转录组学
w_w__w_.__p__o_m__i_ne_._c_o_m_
RNA-seq ,包括支持成对Reads 数据和转录水平表达
小RNA分析
标签表达谱
EST 文库的构建
先进的视像化、转动性、变焦性的工具
基因表达分析

表观基因组学
www__.p_om_i_n__e.c_o_m
ChIP-seq 分析
Peak finding and peak refinement
处理组/ 对照组分析

经典序列分析工具
ww__w__.__p_o_mine._com_
引物设计
分子克隆
BLAST
Alignments
进化树
先进的RNA结构预测和编辑工具
整合的3D分子分析
蛋白质二级结构的预测
……

基因组特色
ww__w_.__p_om_i__ne._com
CLC bio 公司世界著名的科学家开发了全新和创新的算法,增强了CLC Genomics WorkBench的功能。这些先进的、前沿的算法结合SIMD 处理器加速技术,显著加快了测序 Reads 的mapping与从头拼接组装的过程。

测序Reads mapping
w_ww_.__po_m__i_ne_._co_m_
CLC Genomics WorkBench 的测序Reads mapping功能支持长短两种读取序列和成对的读取序列,支持空位比对和非空位比对,支持Sanger 、454 、Illumina GenomeAnalyzer 和SOliD 测序数据。
w_w_w_.__p_o_m_i__n_e__.co_m_
在计算机内存允许范围内,CLC Genomics WorkBench 可以实现将测序Reads mapping到任意大小的基因组上。在内存为16GB 的标准配置计算机上能完成人类基因组10倍覆盖倍数数据的测序Reads的mapping。
w_ww.po_min_e._co_m_
SOLiD 数据的匹配以最初的色域空间(color space )形式进行,采用基于高性能计算的算法。与以碱基空间(base space )拼装相同的数据相比,以色域空间(color space )拼装 35mer SOLiD 数据时多发现的匹配数高达80% 。

从头测序
w_w__w._p__o_min_e_._co_m_
CLC Genomics WorkBench 的从头测序支持长短读取序列和成对的读取序列,支持 Sanger ,454 ,Illumina Genome Analyzer 和 SOLID 的测序数据。
w_w__w_.__p_omin__e__._c__o_m_
从头拼装仪根据成对测序Reads 信息连接重叠群形成序列骨架。组合的配对数据分析方法可以将插入片段长度各异的paired end数据和mate pair 数据一起进行拼装。

CLC Genomics WorkBench 的从头测序可拼装任意大小的基因组,取决于数据的覆盖率和质量。

支持混合类型数据的分析
w_w__w_._p_om_in_e_.c_om
测序Reads 的mapping 和从头拼装同时支持不同类型数据的分析。例如,在同一分析中,使用Sanger 数据、454 single read数据和Illumina paired end 数据进行从头拼装。该功能大大的降低了科学家的手工作业,无需进行枯燥的数据运算,从而集中时间和精力获取数据中的生物学结果。

多样本分析
w_w_w__._po_m_i_ne_.c_o_m
当进行不同样品的批量测序时,通过使用多样本分析技术可以在同一流程中运行多个样本。通常数据分析中很难分离不同样品的测序Reads,因此来自同一样本的测序Reads 被放在一起分析。 CLC Genomics WorkBench 支持大量的多样本分析方案,包括基于名称的多种类型的多样本方案以及基于标签或条形码的多样本方案。

SNP 检测
ww_w__.po__m_i_n__e_._c_om
CLC Genomics WorkBench提供自动化的 SNP 检测。CLC
Genomics WorkBench的SNP 检测基于Neighborhood Quality Standard (NQS )算法[Altshiler er al., 2000] 。(详见Brockman er al., 2008 )
w_w_w_.__p__omine__._com
如果参考序列带有ORF 或者CDS 注释,SNP 检测将会报告该SNP 是同义还是非同义。如果SNP 变异导致翻译产生的蛋白质中的氨基酸改变,新的氨基酸将被报告。
ww__w.p__o_m_ine_._c_o__m__
图形用户界面能让用户轻松识别SNP ,在或大或小的基因组区段都能获得SNP 的全貌图。

识别基因组重排
www._po_m_i_n__e._co_m__
通过先进的图形用户界面,CLC Genomics WorkBench 支持识别如插入、缺失、重复、倒位等多种基因组重排。

比较标尺——E. Coli
454:
在一台2GB 双核处理器、2.13GHz 、32位的笔记本电脑上2 分钟能
够完成439,000 个测序Reads 的mapping和结果显示

Illumina Genome Analyzer :
在一台32GB 、8 核处理器、2.5GHz、64位的台式电脑上3 分钟能够完成540 万配成对测序Reads 的mapping和结果显示
w_w_w.p_o__m_ine_.com
转录组特色
ww__w_._po_m_i_n_e._c_o_m
CLC Genomics WorkBench 内置工具支持表达数据分析的完整工作流程。这些包括可视化质量控制工具,例如主成分分析工具和原始数据标准化(box plots )工具、转换和标准化工具、统计测验和错误检出率控制工具、聚类算法、可视化的热图和关于基因注释的测验例如高级几何学的检测和基因集合富集分析(Gene Set Enrichment
Analysis)。
w_w_w._p_o__m_i__n_e_.__c__o__m
支持RNA-Seq 、小RNA、和基于标签的表达谱以及单色芯片基因表达数据的分析。多种可用视图的切换容易掌握,轻松查看数据全貌和分析结果。表达分析在平台上的完全整合,使用户不需任何转换软件,即可在综合的序列分析工具上完成目标基因的下游分析。

数字基因表达
CLC Genomics WorkBench 包括基于来自Mortazavi A等方法的mRNA 测序。"Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq", Nat Methods. 2008 Jul;5(7):585-7.
w__ww_.__p_om_in__e._co__m_
该模块的一大优点就是统计结果基于RPKM(每百万匹配的测序Reads 中每一千碱基外显子模型的测序Reads 数),当使用数字基因表达时,RPKM 是对基因表达水平进行标准化的好而简单的方法。
w_w__w_.__p__o_m_i_ne_._c__o__m
小RNA 分析
ww_w._p__omi_ne__.c_o_m_
对SOLiD 、Illumina 和454 系统测序产生的小RNA序列都可用CLC Genomics WorkBench 进行分析。分析的第一步是接头的去除和单一样本提取(对多样本分析),其次进行标签计数,最后使用miRBase 和其他资源对小RNAs 进行注释。在前体和成熟 miRNA水平的基础上分组注释。用表达分析工具查看和分析最终结果。

标签表达谱
w__ww.p_o__m_i__n_e.__c_o__m_
CLC Genomics WorkBench 包含强大的标签作图功能,这是使用新生代测序技术对SAGE 的一个扩展。整个工作流程支持从标签计数的测序Reads 中提取标签、创建虚拟的标签目录和用基因名称为标签计数进行注释。

EST 文库构建
w_w__w._p__o_m__in_e._c_o_m_
使用从头测序算法构建EST 文库——如可以使用EST 文库作为
基于mRNA 测序和基于标签的转录组学的参考序列。

表观基因组学分析
ww_w_.p_o_mine_.c_o_m
CLC Genomics WorkBench含有全套整合的ChIP测序分析方案,使研究人员轻松将原始数据比对到参考序列,进而得到ChlP测序结果的高级视图和图表输出。数据可基于ChlP单个样本信息或ChlP样本和对照样本的比较信息。

经典序列分析
ww__w.pom_i_n_e._c_om
除所有的高通量测序分析工具外,CLC Genomics WorkBench 还拥有CLC 主要平台中100 多种实验后下游分析和后续实验设计的功能,例如引物设计、分子克隆、BLAST、5 种不同类型的序列比对分析和系统发育分析。

比较标尺—人类基因组
Illumina Genome Analyzer :
在一台32GB、8 核处理器、2.5GHz 、64位的台式电脑上(非空位比对),4 个小时能够实现八千六百万成对末端测序Reads 到人类基因组(30亿碱基)的mapping和结果显示
Illumina Genome Analyzer :
在一台32GB、8 核处理器、2.5GHz 、64位的台式电脑上(空位比对),7 个小时能够实现八千六百万成对末端测序Reads 到人类基因组(30亿碱基)的mapping和结果显示

CLC Genomics Server 整合
w__w_w._pom_ine._co_m__
CLC Genomics WorkBench与CLC Genomics Server流畅对接(图4 ),这使Genomics WorkBench的用户能够在一台或多台高性能计算机上运行如全基因组拼装等繁重的工作,同时可以在本地计算机上进行其他数据的下游分析。
除了计算能力,CLC Genomics Server 提供了灵活的工作队列系统,轻松整合其他应用程序和共享数据以及一系列的其他功能,确保您的高通量序列分析在快速、安全、和灵活的IT 环境下运行。
CLC Genomics Server能与CLC 生物信息数据库充分整合,支持Oracle、MySQL、PostgreSQL 、H2和Microsoft SQL服务器。
w__w_w_._po_m__ine_._c__o__m

定制化服务
w_w__w_._p_o__m_in_e__.__c_om
随着新技术的快速发展,高通量测序不断地为科研人员提供新的科研机会和分析海量数据的新方法。
问题不是在于缺少创意和数据,而在于没有高性能的软件进行分析和解除工作流程中的手工作业瓶颈。
CLC bio 通过为CLC Genomics WorkBench 和CLC Genomics Server 提供免费的基于Java 的软件开发工具盒(SDK),解决了这些难题。使用软件开发工具盒,实现自有算法到CLC 产品的整合。
根据特定客户的需求,我们还为CLC Genomics WorkBench 和CLC Genomics Server 设计和开发定制化附加模块。这无疑是提高您研究速度和质量的快速和经济的方法。

系统要求
w_ww.__p_o_m_i_ne__._co__m__
Mac OS X 10.6或者更高版本. 但是,在64为Intel 系统中支持Mac OS X 10.5.8
Windows XP、Windows Vista或Windows 7,Windows Server 2003 或 Windows Server 2008
Linux: Redhat 5 或更高版本,SuSE 10 或更高版本
Intel 或AMD的中央处理器
6 4位计算机或操作系统,建议内存不低于2GB
小的数据集需要2-4GB 内存
大的数据集需要16-32GB 内存
1024×768的分辨率
Publisher
 
Copyright ©2003- Guangzhou Pomine Info. Tech. Co., Ltd. 广州博脉信息技术有限公司 ©版权所有 (粤ICP备11101756号-1)